质谱仪器常见故障排查及维修办法：
一、质谱不出峰的可能原因
进样系统与离子源没连接或有漏液；
六通阀漏液；
雾化气没开；
喷雾电压没有；
离子进入分析器的离子通道堵塞；
喷雾毛细管堵塞。
二、串联质谱如何定量
串联质谱定量时,是以后面产生的碎片峰（子离子）定量。但是这一子离子是由母离子在碰撞室产生的特征性碎片，所以用MRM定量灵敏度会比用SIM定量好很多。
建立方法的步骤是：用一定溶度的标准品溶液（1-10 ug/mL）调谐化合物的一级质谱条件，找到母离子的最佳质谱条件。然后对母离子进行打碎，优化碰撞能量，得到其特征性的子离子。最后利用该质谱条件和该母离子->子离子对进行定量。
三、质量偏差怎么办
质谱的质量数偏了，说明仪器该校正了，一般3个月就要校一次机。一般每个厂家都会随机带有校正液。
四、如何更换机械泵油
一般3个月到半年更换一次泵油，可同时停机对仪器进行一次清洗。更换泵油的时候，先开启振气阀5-10分钟，待将泵内沉淀振起后，关闭振气阀，同时关闭电源。打开泵下的泵油排放阀门，放掉旧油。如果泵油已经很脏，则可取少许新油清洗泵后放掉再注入新油。
五、碰撞室离子交互影响的原因及消除
多通道扫描（MRM）时，如果两个离子扫描通道的碎片离子一样（或类似如相差1-2分子量单位），前一个离子通道扫描结束后，碰撞室里的离子来不及清除，影响下一个离子通道反应的定量（如果色谱分离完全则无此影响）。
可能的消除方法：1）选择特异的子离子（特别是在用稳定同位素内标时）；2）增加离子通道扫描反应之间的时间间隔（如100 ms→300 ms）；3）可设置额外的“无用的离子扫描通道（dummy MRM）。
六、排除色谱柱流失问题的有效方法
诊断色谱柱是否存在流失问题的方法是第一次在方法条件下安装色谱柱时，做一次空白色谱图，然后将最近的运行和空白运行色谱图对比。
如果在空白运行中产生了很多峰，则色谱柱性能改变，这可能是由于载气中含有氧气，也可能是由于样品残留。
如果有 GC-MS，则低极性色谱柱的典型流失离子（例如 DB/HP-1或5）质/荷比m/z 将为 207、73、281、355 等，大多数为环硅氧烷。
七、谱图为什么只有溶剂峰
可能有以下原因：1）进样针损坏；2）载气流速太低；3）样品浓度太低；4）样品被柱或进样器衬套吸附。
八、质谱基线高是什么原因
质谱的基线其实跟液相的紫外检测器和荧光检测器一样，基线高的原因不外乎内部和外部的原因。
1. 选择的流动相在质谱的响应比较高，比如水相比较多的时候，噪音比较大些；还有如果盐含量比较大的时候，噪音更大些。
2. 检测器的灵敏度越高的时候，噪音应该越高。如果质谱的污染比较严重时，基线肯定比较高。比如离子阱检测器，用得久了，阱中的离子就会增多，一方面降低了质谱的灵敏度，另一方面增加了基线噪音。
3. 质谱的基线很多时候还跟你选择的离子宽度有关。比如作选择离子扫描的时候，基线就低些。作选择反应扫描的时候，离子宽度不要选得太宽，太宽噪音就高些。
4. 多级质谱一般做二级或三级质谱，基线噪音就低很多。
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